La primera iglesia y convento de La Merced fue incendiada en el desastre del pirata Bartolomé Sharp en 1680, sin embargo se reedificó pronto debido a que la orden contaba con productivas rentas y propiedades. En 1755 se le describe de la siguiente manera: "Se encuentra su iglesia terminada, muy decente y con profusión de adornos, y su claustro con una parte concluida y otra con murallas".

En él residían seis religiosos y sus rentas anuales alcanzaban a mil quinientos pesos de la época.2 La propiedad del claustro se extendía prácticamente a toda la manzana.