La Iglesia de San Francisco es una iglesia altamente representativa de la arquitectura hispanoamericana de fines de siglo XVI y constituye uno de los más antiguos edificios religiosos de aquella época. Su origen data del año 1563 con el establecimiento de la Orden Franciscana en La Serena. El convento funcionó como casa de estudios superiores de la Orden a partir del año 1735 pero en 1823 los Franciscanos fueron expulsados y sus bienes confiscados. Recién en 1858 les fue devuelto el claustro. La iglesia de San Francisco fue declarada Monumento Nacional.