El convento se fundó el 4 de Noviembre de 1892, cuando Don Florencio Fontecilla era obispo de La Serena. Las cinco hermanas fundadoras provenían del Monasterio de San José de Santiago, y venían a desagraviar la profanación de la Eucaristía que encabezara el pirata Bartolomé Sharp tras es saqueo a las iglesias e incendio de la ciudad en 1680. Llegando a La Serena se dirigieron al Buen Pastor, donde permanecen hasta el 8 de diciembre, cuando se trasladan a una casa adjunta a la Iglesia de Santa Inés en la que permanecieron hasta el 19 de agosto de 1895, cuando se trasladan al actual convento de Gandarillas 997.